2 военный клинический госпиталь ВНГ РФ сформирован на основании приказа МВД РФ от 9 февраля 1993 года на базе военного госпиталя МО в городе Нальчик. В 1998 году основные подразделения военного госпиталя были переведены в город Пятигорск.

Военный госпиталь вошел в состав 54 ордена Красной Звезды дивизии оперативного назначения внутренних войск МВД России. В 2005 году на основании приказа Главнокомандующего внутренними войсками МВД России реформирован с расширением коечной мощности и созданием реабилитационно-восстановительного центра. С 1 декабря 2006 года военный госпиталь стал воинской частью непосредственного подчинения командующему войсками Северо-Кавказского регионального командования ВВ МВД России.

В 2011 году на основании приказа Главнокомандующего ВВ МВД России произошло очередное реформирование военного госпиталя. Был сокращен реабилитационно-восстановительный центр, в состав введены психиатрическое и инфекционное отделения. Венному госпиталю было присвоено специальное название – «2 военный клинический госпиталь ВНГ России».

В настоящее время 2 военный клинический госпиталь войск национальной гвардии Российской Федерации это многофункциональное медицинское учреждение, оснащенное современным диагностическим и лечебным оборудованием. Его основа – сложившийся коллектив профессионалов, каждый из которых достойно представляет свое направление в медицине. За последние годы произошли коренные изменения по улучшению материально-технической базы, бытовых условий, оснащением современным медицинским оборудованием военного госпиталя.